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La boca puede también considerarse un mini-ecosistema. En este ecosistema habrá un hábitat o medio físico que es la cavidad bucal, de la que venimos hablando en anteriores apartados, y también unos pobladores, que en este caso son microorganismos. La cavidad bucal se integra en el organismo humano, con lo cual el medio físico en este ecosistema es ya parte de un ser vivo. En este ecosistema se establecen relaciones de las especies pobladoras entre sí y con el hábitat.

Los tipos de microorganismos que podrían habitar en la boca son bacterias, hongos y virus. El sistema inmunitario del organismo hace posible que determinados microorganismos no colonicen la boca, los microorganismos nocivos o gérmenes. Pero otros microorganismos sí son pobladores habituales de la boca sin producir patología en ella o en el resto del cuerpo: Estos seres constituyen lo que llamamos flora saprófita de la boca o flora bucal habitual, que es casi exclusivamente bacteriana.

Estas bacterias están en la boca en una cantidad tal que no producen daño, y forman una comunidad en la que hay unas especies determinadas y no otras. Estas especies suelen colaborar entre sí para su coexistencia, de tal forma que muchas veces es necesaria la presencia de unas determinadas bacterias para que puedan llegar otras. Por otro lado, la presencia de estas especies bacterianas habituales también hace posible que no sean otras bacterias u hongos los que se establezcan en el hábitat bucal. Esto previene ciertas infecciones.

Existe un equilibrio entre el sistema inmune y la flora saprófita de la boca, ya que la existencia de estos microorganismos habituales está regulada, no debe exceder unos límites. Así pues, la presencia de esta flora bucal habitual estimula el sistema inmune, lo cual es beneficioso.

Existen una serie de características del medio bucal que determinarán cómo será este ecosistema en miniatura: humedad, temperatura, acidez del medio (pH), cantidad de oxígeno, grado de defensa inmune del organismo hospedador, nutrientes (alimentación e higiene del hospedador), capacidad de adherencia de los microorganismos,…

Los microorganismos suelen colonizar los tejidos siempre de la misma manera, en dos fases, una fase de adhesión (a la superficie de los tejidos) y otra fase de agregación y posterior coagregación (los microbios forman capas).

En las superficies de los dientes se asientan comunidades de bacterias constituyendo lo que se conoce como placa (bacteriana) dental. La placa dental es muy importante pues supone el origen de enfermedades como la caries o la enfermedad periodontal, que afectan a los dientes y al periodonto respectivamente.

La formación de la placa bacteriana es progresiva. A partir de un diente recién limpio mediante limpieza profesional, al contacto con la saliva en pocos minutos se forma una fina capa orgánica sobre la superficie dental. Esta lámina orgánica que se forma de manera natural se llama película adquirida o biofilm, y es el sustrato necesario para que se siga desarrollando la placa dental. Después, la película adquirida se verá colonizada por bacterias que tienen un elevado potencial de adhesión: son principalmente determinados Streptococcus y Actinomyces. Después se empiezan a acumular capas de bacterias sobre las anteriores y las sustancias que éstas van produciendo. Así, la placa va ganando en espesor, y algunas especies nuevas van apareciendo, por ejemplo algunas que necesitan menos oxígeno para vivir (y pueden quedar "enterradas" por otras bacterias). En esta fase predominan las bacterias de la familia Actinomyces, pero hay más variedad.

Dependiendo de muchos factores, como el nivel de acidez del medio o la localización dentro de la anatomía del diente, la placa puede convertirse en dañina o patógena para los tejidos del diente (cariógena) o para los tejidos del periodonto (periodontopatógena).

El proceso de formación de la placa bacteriana es cíclico, pues suele regularse con el aclaramieto natural, por los movimientos bucales (al masticar, por ejemplo) y por la saliva, así como por la higiene. Es decir, que gracias por ejemplo al cepillado dental podemos eliminar la placa en formación y así interrumpir su proceso de proliferación, que, abandonado a su libre curso durante un tiempo, sería nocivo.

Pero, ¿nacemos ya con microorganismos en nuestra boca, y con placa bacteriana dental? Y si no es así, ¿cuándo y cómo llegan a nuestra boca?

No, no nacemos con ellos pues en la placenta no hay gérmenes. Es precisamente el parto el primer momento en el que puede haber un contacto con microbios de la flora vaginal materna. Es, pues, el contacto con el medio externo el que nos procura la posibilidad de adquirir microorganismos. Para la formación de la placa bacteriana dental también es necesaria la presencia de dientes, hecho que no suele ocurrir hasta aproximadamente el sexto mes de vida. Las primeras bacterias suelen transmitirse por besos de las/los madres/padres a los hijos. Después habrá multiples fuentes posibles de transmisión de bacterias, si bien el sistema inmune de los niños se irá desarrollando paralelamente.

Existe también una evolución en la tipología de la flora microbiana a lo largo de la vida del individuo dependiendo de la ausencia o presencia de dientes, pues éstos llevan asociada toda una serie de flora específica